1997年3月13日，她退出了博济会。4月，特蕾莎修女跌倒并伤到锁骨。8月时接受了心脏移植手术，但健康并没有日渐好转，同年9月逝世，终年87岁。特蕾莎修女留下了4000个修会的修女，超过10万以上的义工，还有在123个国家中的610个慈善工作者。同年印度政府为她举行了只有总统和总理才有资格享有的国葬，来自20多个国家的400多位政府要人参加了她的葬礼，其中包括三位女王与三位总统。